連任總統擴充版圖(2)
到1804年再次總統選舉來臨時,美國國泰民安,傑斐遜的聲望達到頂點,路易斯安那的購買及傑斐遜在白宮裡平等主義的姿態為共和黨的執政贏得了全國的贊同。傑斐遜再次被民主共和黨提名為總統候選人,曾任六任紐約市市長的喬治·柯林頓代替了伯爾,成為副總統候選人。聯邦黨的總統和副總統候選人分別為查理·平克尼和魯弗斯·金。就在這時,61歲的傑斐遜受到一個沉重的打擊:二女兒瑪麗亞病死了。為了避免重複諸如在1800年使國家大傷腦筋的出於疏忽造成的僵局,通過了第十二號憲法修正案:應該分別進行投票選舉總統和副總統。此制度自1804年第一次實行至今有效。選舉結果是傑斐遜以162張選票對平克尼14張選票的絕對優勢大獲全勝,再度當選為美國總統,喬治·柯林頓任副總統。在第二任期間,傑斐遜在國內外兩方面都遇到了比第一任更大的困難。由於歐洲戰爭的繼續和英法衝突的白熱化,作為中立國的美國處境也極為困難,交戰雙方都不斷踐踏中立國的權利。英國控制著海洋,成為美國更危險的敵人。英國海軍時常到美國商船上搶走美國水手,強制徵用他們為英國海軍服役。儘管美國政府多次抗議,但英國拒不改變這一政策。1807年6月22日,美**艦「切薩皮克號」由於拒絕了英國「豹號」軍艦的無理搜查而遭其炮擊,從而激起了美國人民的抗議。傑斐遜知道美國無力與英國這個海上霸主作戰,所以他只限於向倫敦提出抗議,要求英方道歉和賠償。在這一抗議遭到冷遇時,傑斐遜決定使用經濟壓力的手段迫使英國停止對美國船隻的騷擾。根據傑斐遜的請求,美國國會在12月22日通過了《禁運法案》,即立即禁止美國的全部進出口貿易,不準美國船隻駛抵歐洲任何港口,只限於在國內沿海進行貿易。但《禁運法案》執行的結果卻給美國自身帶來了嚴重的影響。《禁運法案》不僅受到新英格蘭地區聯邦黨人的強烈反對,也遭到其他地區人民的廣泛抵制,走私貿易在大西洋沿岸和北部美加邊境到處泛濫。傑斐遜在自己離職的前幾天,1809年3月不得不取消了《禁運法案》。在1808年大選中,傑斐遜再次被提名為總統候選人,但傑斐遜已決定隱退。1809年3月4日,參加完詹姆斯·麥迪遜總統的宣誓就職典禮,傑斐遜就此卸任。