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京都破敗的另外一個原因，感覺像是主要的原因。

天文法華之亂

十六世紀初葉，以京都本國寺為中心的佛教日蓮宗勢力愈發壯大，與一向宗和天台宗的對立日深。天文元年（1532），大批一向宗門徒在本願寺證如的授意下擁入京都「弘法」（實際上是四處搶掠）；日蓮宗門徒則站在管領細川晴元一方阻擊一向宗，並燒毀了一向宗的第二大寺院――京都山科本願寺。於是日蓮宗與一向宗四處開戰，彼此互相殺戮。

天文五年（1536），上總國日蓮宗妙光寺信徒松本久吉上京；途經天台宗比睿山延歷寺時，恰逢延歷寺高僧華王房開壇。松本久吉前往聽法，併當場指出了華王房的諸多錯誤；華王房不能反駁，因此被松本奚落。天台宗門徒大怒，夜襲松本留宿的日蓮宗法華寺，將松本及法華寺僧眾三百餘人全部殺死。日蓮宗門徒亦聚集了三千餘人攻打延歷寺，並進入京都搶劫，甚至放火焚燒公卿的宅邸。后奈良天皇震怒，於是下達了討伐日蓮宗的聖旨。管領細川晴元也轉而支持天台宗，出兵鎮壓日蓮宗。在形勢有利的情況下，天台宗的五大寺院――延歷寺、東大寺、園城寺、興福寺和法隆寺組成了軍事聯盟，共同出兵討伐日蓮宗；不久之後一向宗也暫時加入了這一聯盟。在多方勢力的夾擊下日蓮宗損失慘重：近五萬門徒被殺，畿內的十六所寺院（「日蓮十六院」）也都被燒毀。直至天文十一年（1542）天皇才下旨取消對日蓮宗的迫害，日蓮宗門徒得以重建以本國寺為中心的「日蓮十六院」。史稱「天文法華之亂」。');