回歸真新鎮
小智在集齊八個徽章后就和小霞小剛一起回真新鎮了，距離關都聯盟寶可夢大賽還有一段時間，小智打算在家休息幾天，然後對自己的寶可夢們進行特訓。
走了一路，三人終於到達小智家，小智走進家門后就大聲喊道：「媽，我回來了。」小霞和小剛則是很有禮貌地說道：「打擾了。」
不過，出來的並不是花子，而是小智的喵喵：「少主，你回來了啊喵！」小智見是喵喵開口打了聲招呼：「喵喵，你好啊！我媽媽在家嗎？」這時，魔牆人偶也出來了，一出現就給小智一個擁抱！小智也跟魔牆人偶打招呼：「你進化成魔牆人偶了啊！恭喜你了！」
「小智，你回來了啊，赤可是跟我說你還得幾天才回呢！」花子從房間里走出來，見到小智開心地說道。隨後，看向小霞和小剛，小霞和小剛也跟花子打招呼：「打擾了，阿姨。」
赤虹也從樓上下來了，見到小智一行人，向小霞和小剛打著招呼：「嗯，你們好，我是赤虹，小智的爸爸。你們應該就是武能和水伊的後代吧？小剛，你還記得我嗎？」小剛見到赤虹震驚地說道：「您是當年的挑戰者？」隨後經過一番解釋，小智和小霞知道了當年的一些事情：赤虹當年是真的牛！開局就拿走了坂木的原始超夢，然後就去參加道館戰，第一站就是武能的深灰道館，直接讓武能產生了心理陰影。後來，武能就離家出走了，深灰道館就落到了小剛的手中。
小智和小霞大吃一驚，小智趕緊問道：「爸，你的初始寶可夢是超夢？」赤虹一聽，趕緊開口道：「我的初始寶可夢是小火龍了，超夢是從你坂木大叔那裡順走的。」小霞則是一臉懵逼，坂木她知道，常青道館訓練家，可超夢是什麼寶可夢？有這隻寶可夢嗎？見小霞疑惑的樣子，赤虹就跟小霞解釋了超夢是哪種寶可夢，一番解釋過後，小霞覺得自己的世界觀都刷新了。
吃過飯，赤虹要去大木博士的研究所，小智打算去看看自己的寶可夢們。於是，就一起前往大木博士的研究所，當然，小智的喵喵，小霞和小剛也一起跟了過來。
一起來到大木博士的研究所后，赤虹按下門鈴道：「大木博士，我是赤虹，我帶小智和喵喵來了。」大木博士見赤虹帶小智來了，開口說道：「小赤，喵喵，你們來了。小智，我等你好久了。」
赤虹見青綠不在，疑惑地看向大木博士，大木博士一眼就看出赤虹想問什麼，回答道：「青綠帶著小茂去進行特訓了。」見自己的好友不在這裡，赤虹也就興趣不佳地回家了。
就這樣，大木博士的研究所內只剩下大木博士和小智一行人。這時，小霞開口問大木博士聯盟大賽的時間：「對了，博士，比賽開始的時間是什麼時候啊？」大木博士回答道：「時間是兩個月後，地點是在石英高原。」
小智想了想自己收集八個徽章所用的時間，以及兩個月後的比賽，自己在整個關都地區呆了一年的樣子，平均在每個道館的時間為三周左右，這其中當然是迷路耗費了太多時間。
大木博士這時開口問道：「小智，你來這裡是為了什麼？」而小智來這裡主要是看自己的寶可夢的，所以對大木博士說道：「對了，博士，我想去看看我的寶可夢們。」
大木博士見狀也說道：「哦，它們啊，都在後面的庭院里，一起去看看吧。」隨後，小智一行人就跟著博士向另一邊走去。
來到庭院后，小智就將自己帶在身上的寶可夢都放出來了：「出來吧！大針蜂，化石翼龍，噴火龍，呆殼獸和哈克龍，還有超夢和越夢。」這時，迷你龍突然出來，纏繞在小智的身上，十分開心地叫著，越夢這時也親呢和小智打招呼：「小智哥哥，你好啊！」大木博士似乎早就知道超夢和越夢的存在，並沒有露出激動的神情。
小智這時想到了自己的寶可夢們有好多需要連接交換進化的，向大木博士問道：「大木博士，你知道連接交換進化嗎？」大木博士聽后，立刻給出了答案：「連接交換進化啊，只要使用連接交換機器就可以了。」小智聽到答案后又問道：「那，大木博士你這裡有連接交換機器嗎？」一聽這話，大木博士就非常自豪地說道：「當然有啊，這裡可是大木博士研究所。」看來這裡的設備還是很先進的。
小智這時又問道：「那，大木博士，你這裡有王者之證和龍之鱗片嗎？」大木博士有些疑惑地問道：「有是有了，不過，小智你需要這些幹什麼啊？」因為關都地區只有豪力，隆隆石，勇基拉和鬼斯通連接交換進化成怪力，隆隆岩，胡地和耿鬼的例子，所以大木博士認為小智問自己這些是想要讓勇基拉和鬼斯通進化。而小智問的道具僅僅是用來提升寶可夢的威力罷了。
小智答道：「當然是用來進化寶可夢了。」隨後對喵喵說道：「喵喵，去把勇基拉，鬼斯通，呆呆獸和海刺龍叫過來吧。」喵喵見小智叫自己，立刻回答：「好耶，少主！」然後就去將四隻寶可夢叫來了，大木博士看著被喵喵叫過來的四隻寶可夢，問小智：「就是這四隻嗎？」小智答道：「是的，帶我們去連接交換機器那邊吧？」鬼斯通一出現就和喵喵聊起天來：「嘿嘿，小貓咪，叫鬼大爺來這裡幹嘛？」「老頑童，你以為我想去叫你啊喵！這次是少主有正事，給我老實點啊喵！」……
看著這兩隻活寶寶可夢，小霞和小剛感到十分有意思，小智見狀，向大木博士問道：「這兩隻一直都這樣嗎？」大木博士點了點頭，小智見狀立刻用精靈球將鬼斯通收回，同時將勇基拉也收到了精靈球中，來到連接交換機器前，將精靈球放入機器，對大木博士說道：「大木博士，開啟機器吧！」隨後在大木博士的操作下，勇基拉和鬼斯通完成了連接交換。
大木博士把精靈球給了小智，小智立刻將胡地和耿鬼放出來：「出來吧！」兩隻寶可夢一從精靈球中出來就發出白光，光芒散去，胡地和耿鬼正式登場。
耿鬼進化后立刻就去和喵喵炫耀去了，胡地則是默默地來到小智的身邊，感應著超能力。小智給海刺龍戴上龍之鱗片；給呆呆獸戴上王者之證后，用精靈球收回了兩隻寶可夢，將兩隻精靈球放入連接交換機器中。隨後，又在大木博士的操作下，兩隻寶可夢也完成了連接交換進化。
大木博士隨後又將精靈球給小智，小智也將兩隻寶可夢放出來：「出來吧！」從精靈球中出來的兩隻寶可夢發出白光，光芒散去，獃獃王和刺龍王登場了。
見到海刺龍的進化形，小霞激動地問道：「啊！小智，這個是？」小智解釋道：「刺龍王，海刺龍的進化形，水系加龍系的寶可夢。」小霞一聽，激動地說道：「好厲害！原來是水，龍雙系的寶可夢！好，我也要努力！讓墨海馬早日進化！」
大木博士也激動地對小智說：「原來還可以戴道具進行連接交換進化啊！小智，你可一定要讓我研究啊！」小智回答道：「當然沒問題啦！」大木博士就帶上獃獃王去進行研究了。
而小智一行人則是在喵喵和耿鬼的帶領下去見小智收服的其它寶可夢了。
就這樣，小智開心地陪伴自己的寶可夢們度過了一個下午，直到傍晚時分，赤虹帶著他的超夢叫小智回家吃飯，小智一行人才告別了大木博士研究所回家了。
接下來就是赤虹對小智的特訓時間了，不過，赤虹只幫忙訓練超夢和越夢，小智的其它寶可夢還是由他自己訓練。對此，小智也很樂意，畢竟赤虹的超夢可以說是小智超夢和越夢的父親了。而且小智並不打算讓超夢和越夢在石英大會上登場。