再出發：橘子群島

小智在獲得石英大賽冠軍之後，在家呆了兩天，就坐車去了一趟玉虹市遊戲城，自從知道自己和坂木的關係后，小智做了個決定：以後缺少稀有寶可夢的時候就去玉虹市的遊戲城看看，有沒有想要的寶可夢。如果有就直接拿下，小智這次的目標就是兩隻伊布。

到了遊戲城后，依舊是之前的那位工作人員，小智也不廢話，直接兌了一顆不知道是什麼寶可夢的精靈蛋和兩隻伊布。之後，見沒有想要的東西了，小智就坐車回家了。

第二天早上，小智一行人吃完早餐后，小智就對花子說道：「媽，我和小霞還有小剛一起去大木博士研究所了。」說完，就和小霞還有小剛一起前往大木博士研究所。

到了大木研究所，小智一進來就喊道：「大木博士，我來交換寶可夢了。」大木博士笑著回應道：「是小智啊，換寶可夢幹什麼啊？是不是去訓練啊？你可真勤奮啊！」

小智見大木博士誤會了，就說出了自己的打算：「不是了，我打算去橘子群島挑戰那邊的橘子聯盟。」

小霞一臉疑惑地問道：「橘子群島？橘子聯盟？那是什麼啊？」小霞本來以為小智是來看寶可夢的，沒想到是要到新地區進行新的挑戰。

大木博士為小霞科普道：「那是在關都地區以南的群島的統稱。」小剛聽到群島后，立刻聯想到穿著泳裝的大姐姐，露出了一臉痴漢的表情，激動地對小智說道：「啊！常夏之島，穿泳裝的大姐姐們，真好，真好！我要去！」小霞聽到大海之後，也激動起來：「大海啊！有很多的水系寶可夢！我也要一起去！」

大木博士突然想到什麼似的，對小智說道：「啊！對了，你們要去橘子群島，我想拜託你們一件事。」小智立馬回答道：「你說吧，大木博士，是什麼事？」大木博士就直說道：「去岱柑島的內木博士研究所拿一顆特殊的精靈球。」

小剛這時發話了：「讓她傳送給你不就好了嗎？」可大木博士卻說道：「那顆精靈球的特殊性就在這裡了，它是顆無法傳送的精靈球，而小茂又跟他的爸爸青綠去特訓了，赤也不知道去了哪裡，所以我才會拜託你們啊！」

小智聽完后立刻說道：「好！這件事包在我身上了！不過，要等我挑戰完橘子聯盟才能帶回來給你。」大木博士也說道：「好！我很期待你得到勝利者杯哦！你這次要拿走哪些寶可夢啊？」小智立刻開始點名：「皮卡丘，再就是兩隻剛收服不久的伊布吧，還有迷你龍也帶上，就這些了。其它的寶可夢們就留在這邊吧。」

大木博士就去研究所的後院將小智點名的寶可夢收回精靈球，拿出來遞給小智，小智接過精靈球后和大木博士告辭之後就和小霞還有小剛一起前往橘子群島了。

小智一行人離開真新鎮，新一輪的挑戰開始了。