不做人的小剪刀(相關技術背景科普,大白話版)
眾所周知,DNA是一種遺傳物質。它由四種較為簡單的脫氧核糖核苷酸分子組成,每個分子上都攜帶著名為鹼基的標籤,所以我們就乾脆用這四種標籤來指代這四種分子,分別為腺嘌呤A、鳥嘌呤G、胞嘧啶C、胸腺嘧啶T。
這四種核苷酸分子首尾相連形成了超長鏈條,就像一個個金屬圈嵌套形成的長鐵鏈,使得DNA分子呈現出細長的纖維形態。
DNA根據鹼基互補原則,由兩條單鏈螺旋纏繞組成。由於鹼基之間的氫鍵具有固定的數目和DNA兩條鏈之間的距離保持不變,使得鹼基配對必須遵循一定的規律:A一定與T配對,G一定與C配對。這就是鹼基互補原則。
這些緊密排列的鹼基,用極其晦澀難懂的語言記錄著生命的藍圖。在每一次生命的繁衍過程中,兩條DNA長鏈都會解離螺旋構型各自為營,遺傳信息就是這樣代代相傳、永不湮滅的。
這些由氫、氧、碳、氮、磷等最簡單的元素組成的平淡無奇的化學物質,在億萬年間,始終流淌的地球生命河道里。它們就像世代珍藏的族譜,將先輩們的特徵和記憶代代流傳,成就了子子孫孫與生俱來的驕傲和榮光。
早在百年前,孟德爾、埃弗里、赫爾希-蔡斯等偉大的科學家們,就已經證明了DNA是遺傳物質,是生命繁衍生息的關鍵。但人類作為一種高級生命,對DNA的探索,並不會止步於此。
70年前,弗朗西斯·克里克提出了遺傳物質決定生物性狀的過程——中心法則。
「中心法則」的核心內容是:DNA通過轉錄和翻譯兩個步驟來指導蛋白質的生產,進而決定了我們長得多高、單眼皮還是雙眼皮、擅長音樂還是運動。
其中,轉錄指依據DNA雙鏈中的一條鏈,依據鹼基互補配對原則,生產出信使RNA。而翻譯指將信使RNA中的鹼基排列解碼,每三個鹼基對應一個氨基酸。多個氨基酸脫水縮合形成肽鏈,肽鏈又摺疊成為蛋白質。
於是,形形色色的DNA便決定了形形色色的物種和形形色色的人。作為世界上最複雜的生命,人類繁衍進化了幾十億年。
而這些由10的23次個原子組成、以納米為空間尺度、以微米為空間尺度在三維時空中運動和發展的物體的全部秘密,都線性地儲藏在區區30億個鹼基對組成DNA中。
可以說,DNA是世界上信息密度最高的物質。在不到1微克的重量中,濃縮了一個生命的過去、現在和將來。
對於渴望理解生命奧義的的我們而言,DNA就像建築師的藍圖,提供了解析和探索生命的指南。
在過去的幾十年間,遺傳學手段幫助我們理解了許多人類基因的功能。當我們發現某個疾病患者體內存在某個基因的功能缺失,便自然而然地將這個基因與他的疾病聯繫在一起。比如白化病、血友病,甚至更為複雜的某些癌症和代謝疾病,都可以用如此簡單的手段加以研究。
緊接著,我們馬上也可以想象,如果有一天我們能夠改造基因,就能消滅某些頑疾,甚至是增強某些機能。
於是我們真的這麼做了。
在過去的50年間,多種基因編輯相繼誕生,讓我們真正成為了生命的設計師,能夠修改生命的藍圖,從而治癒某些疾病。
首先,要從CRISPR技術說起,因為這一個,最為有趣,也最為傳奇。
早年間,一些科學家在研究大腸桿菌的時候,偶然間發現它的基因組DNA上有一些看起來怪裡怪氣的重複結構:有一段29鹼基的序列反覆出現了5次,兩兩之間都被32個鹼基形成的看起來雜亂無章的序列隔開了。
大家都知道,DNA作為遺傳物質,它的功能就是通過「中心法則」生產蛋白質。要麼直接生產,要麼輔助生產,而這種串聯起來的重複結構看上去兩者都挨不上邊。
幾年後,科學家弗朗西斯科莫西卡在另一種細菌——地中海嗜鹽菌里又一次發現了這種古怪的重複序列。大腸桿菌和地中海嗜鹽菌,從生活環境到進化歷史都毫無相似之處可言,這讓他十分疑惑。
於是他在海量的微生物中繼續尋找,竟然在20種不同微生物中都發現了類似的重複DNA結構,把它們命名為CRISPR。
顯然,CRISPR不可能是偶然現象,它一定是有著非常重要乃至性命攸關的生物功能。因為自然選擇不允許這麼多毫不相干的物種,同時保留一段相同的廢物DNA。
經過漫長的研究,他終於發現,這些DNA序列不止存在於細菌中,而是和許多病毒的基因組序列高度一致。是細菌在基因組裡收藏了這些病毒不同角度的快照。
這些攜帶著某種病毒信息的CRISPR序列具有病毒疫苗的功能,可以讓細菌免於被這種病毒入侵。如果把這種CRISPR轉移到另一種細菌中,也同樣能讓新的細菌具有免疫力。
和人類的免疫功能類似。細菌會把細胞內存在的所有DNA都一一抓來和CRISPR序列仔細比對,一旦發現兩者完全一致,就意味著病毒在細胞內出現了,於是立刻啟動防禦機制。
CRISPR就是細菌的記賬本,每一次遭到病毒入侵,就會把這個病毒的特徵記到本本上,用於秋後算賬。當那個不知好歹的東西再一次現身時,便以最快地速度,重拳出擊。
具體來說,CRISPR序列會被首先轉錄成RNA分子,稱為嚮導RNA。這個嚮導RNA會和細胞內的某種名為Cas的蛋白質結合,形成一種核糖核蛋白複合物,簡稱為RNP。RNP會像哨兵一樣在細胞里勤勤懇懇地終日巡邏。
而這位哨兵尋找的對象,就是任何一段能夠和嚮導完美配對的DNA分子。一旦兩者相遇,哨兵就會啟動cas蛋白的切割功能,將這段DNA切成一個個小的片段,成功地把敵人給碎屍萬段了。
這時,可能有人要問了,細菌里的CRISPR和人類的基因編輯有什麼關係呢?
那些可憐的遺傳病患者,他們的DNA與正常DNA通常只有幾個或幾十個鹼基不一樣,要想修正他們的基因組,就要精確地定位到不一樣的地方。否則,只放一些小剪刀進去對著DNA長鏈亂剪亂切,這人肯定就活不了了。
所以,如何生產一個GPS,讓剪刀找到正確的目標再剪,是一個重要的技術難題。
而細菌CRISPR系統里的嚮導RNA就是這個難題的答案。
如果我們能夠在體外合成特定的嚮導RNA,並讓它能夠特異性識別某些DNA片段,問題不久迎刃而解了嗎?
於是,CRISPR技術便應運誕生了。經過一眾科學家十餘年的努力,我們可以任意地合成嚮導RNA和Cas蛋白,由它們倆組成的人工RNP可以通過多種方式被導入細胞,被嚮導RNA帶到正確的地方,再下剪子。
但是,可能有人要問了,如果這把帶GPS的剪子如此好用,我們現在又為什麼依然要受到那些基因缺陷疾病的困擾?為什麼沒有人造生物?為什麼沒有實現基因飛升?
這時因為,這些可愛的小剪子,有著一些致命的缺陷。
首先,由於各方面的限制,嚮導RNA不能太長,通常也就是20來個鹼基對的長度。要知道,人類DNA上可是有30億鹼基對,區區長度為20的鹼基片段,可能在DNA長鏈中隨處可見。
所以這些可愛的小剪刀在發揮作用時,也可能也同時剪到其它奇奇怪怪的地方,造成各種亂七八糟的突變,導致細胞死亡。
其次,小剪刀在發揮作用時,需要目標基因的上游存在一個特定的短的鹼基序列,我們稱之為PAM序列。如果實際操作中,目標基因上游到處都沒有PAM序列,那麼即使小剪刀找到了正確位置,也無法咔嚓一刀剪下去。
最後,小剪刀也是有脾氣的。有時,它的GPS沒有找到完全匹配的DNA片段,但小剪刀就是想剪。於是它便會隨便找一段類似的DNA片段,咔嚓一下剪下去。然後轉身就走,深藏功與名。
以上三種情況,在專業術語里,叫做「脫靶」。
小剪刀很好用,但奈何小剪刀經常不做人。因此,這項技術的實際效果,目前來說並不理想。