洛奇亞
小智一行人繼續在橘子群島中旅行著。昨天在海上認識了在海上開船旅行的小美，並受到小美的邀請，來到了小美的船上，一起朝下一座島前進。
突然，天空中開始出現大片的烏雲，原本平靜的海面開始出現風浪，船也因此劇烈搖晃起來。
小智一行人見狀，眼疾手快地收回各自的寶可夢：「大家都回來吧！」皮卡丘也跳到小智的懷抱中，波克基古也從空中飛到小霞的懷裡。大家只能抱著欄杆，完全控制不了船，也不知道船會飄往何處。
小智已經知道了是哪個劇情，連忙用波導溝通超夢和越夢做好戰鬥準備。這時，雖然海上還是一副風不平，浪不靜的樣子，但也稍微平穩了一點，小美站在船的上方，看著遠方說道：「居然來到了這裡：亞細亞島，橘子群島的盡頭。」
小智一聽，心情複雜起來：果然還是避無可避嗎？那就迎接這次的戰鬥吧！超夢和越夢，這次就拜託你們啦！
然後大家一起登上了亞細亞島。登島下船后，小霞鬆了口氣：「終於得救了！我們的運氣真好啊！」這時，小建發現突然出現在小智一行人不遠處的一群戴著面具的人問道：「真的得救了嗎？」
這時，其中一個女人把面具摘下來，對小美說道：「這不是小美嗎？」看樣子她們倆早就互相認識。小美也跟那個女人打招呼：「是小悠啊！自校園一別，算起來，應該有五年沒見了吧？不過……你打扮成這樣幹什麼呀？」小悠回答道：「祭典啊！從今天開始，島上會舉行祭典。」
小美一聽，問道：「你還是跟以前一樣，當祭典上吹笛子的女巫嗎？」小美知道小悠以前都是在祭典上充當吹笛子的女巫。不過，小悠已經退隱了，只見她回答說：「不是啦！我已經隱退了，畢竟我不是小孩子了，擔任祭典女孩的是我妹妹。」
然後前方出現一個女孩子，只見她戴著墨鏡，穿著現代的衣服，和四周的人顯得格格不入。女孩的口中不停地抱怨：「什麼妹妹嘛？誰是祭典女孩了？有你這樣的姐姐真是大為不幸！」姐姐小悠看著自家妹妹的打扮，不滿地開口：「你那是什麼打扮？祭典的衣服呢？」妹妹則回答道：「我才不要去穿那些老土的衣服呢！而且祭典是從傍晚開始的。」看來姐妹倆意見不合。
小悠也無奈，向大家介紹自己的妹妹：「這是我的妹妹：芙蘆拉。」又吐槽道：「真是沒辦法，這樣也能當聖女？時代真的變了。」
小悠這時才看向小智一行人，向小美問道：「他們是……」小美介紹道：「哦！他們是正在旅行的寶可夢訓練家。」大家聽了小美說是寶可夢訓練家，立刻就激動起來，歡呼道：「哦耶～寶可夢訓練家啊！哦耶～」這一舉動把小霞和小建整得一頭霧水，但小智是知道原因的，所以，小智現在一臉嚴肅。
之後，人群中的一位老大爺走出來，說道：「傳說中，隨著世界毀滅，海之神出現，並與優秀的指揮者一起平息諸神的憤怒。而指揮者，也就是寶可夢訓練家，你就是那個寶可夢訓練家。這是慣例！」說完，用手指著小智，示意小智就是那個訓練家，也就是指揮者。
這時，芙蘆拉也走了過來，打量著小智：「你是寶可夢訓練家？」小智也做了個自我介紹：「我叫小智，你好！」芙蘆拉聽了小智的話后，自言自語地糾結道：「哎呀，不管了，按照慣例，親一個。」說完，就要親了過來。
小智看著馬上就要親過來的芙蘆拉，立刻就慌起來，趕忙地說道：「喂！喂！喂！等一下哈！」雖然說美女之吻確實不錯，但是自己的女朋友——小霞還在自己的身邊看著呢！
小霞此時此刻也反應過來了，立馬上前一步，擋在小智的面前，對芙蘆拉說道：「你好！我叫小霞，是小智的女朋友。我不知道你們的慣例是什麼。不過，你不覺得在我面前親我男朋友不好嘛！」小霞這時的女王范盡顯，要捍衛屬於自己的一切，這個時候必須強勢起來。
芙蘆拉聽到小霞的話后，不太確定地看向小智。小智也立刻非常肯定地回答道：「是的，我有女朋友了。」畢竟我們的小智是非常專一的，而且非常寵小霞。當然，你要說是妻管嚴也行。
芙蘆拉吃了一波狗糧后，也只好放棄了小心思。小霞也因此鬆了一口氣，並且決定以後一定要將小智看緊了，像小智這樣非常優秀的男生的桃花運應該不會少的。
這時，老大爺宣布祭典開始了，小智一行人也跟著加入到了祭典當中。
突然，從遠處傳來悅耳的笛聲，而後前方的平台上出現了一個頭戴白紗，一邊跳著舞一邊吹著笛子的女孩。原來是芙蘆拉。
芙蘆拉跳完舞后，就走到小智一行人的面前，對小智說道：「天地憤怒，世界即將毀滅之際，海之神出現，與優秀的指揮者一同平息諸神之怒。小智大人，如果那個優秀的指揮者真的是你的話，請讓我們看到證據吧！請小智大人到附近的三座島上拿到三個寶物，然後將其放到島上的祭壇上。最後，由我向眾神吹奏奉獻之笛，這樣子就結束了。」
小霞在一旁好奇地問道：「寶物在哪裡？」芙蘆拉回答道：「在各個島上的神廟裡，而且有船到島上去，到了神廟還有樓梯，非常簡單的。」看來歷年的祭典都非常簡單。可小智卻知道這次不同以往了。
小智想將這件事快點處理完，並打算馬上就出發。芙蘆拉則告訴小智不要急，明天再出發也沒事。小智堅持自己的想法，並叫上了小霞，小霞也覺得快點結束好，不然，真要出事就不妙了，小建想要在原地等待，小智和小霞也沒有強求。
這時，芙蘆拉走了過來，說道：「那我跟你們一起吧！先去火之島。」說完，示意小智和小霞上船。小智，小霞，芙蘆拉三人向著火之島的方向前進了。
與此同時，真新鎮，大木博士研究所內。赤虹和花子聽聞橘子群島的海底洋流發生了變化，立刻就猜到了是被人們稱之為海之神，洋流之神的洛奇亞搞出來的動靜。花子有些擔憂地說道：「赤，小智應該不會有事吧？」赤虹皺了皺眉，對花子說道：「放心吧，我已經讓超夢在暗中關注了，適當的時候超夢會出手的。而且，小智這小子現在已經很強了。」花子聽到這話，徹底放心了，也不再擔憂小智的安危了。而在常青道館內的坂木聽到橘子群島的消息，嘴角微微上揚：「哈！真是的，又是跟以前一樣……」
小智這邊，終於到達了火之島，小智和小霞立刻抱著皮卡丘與波克基古跑向樓梯。小美突然勸說道：「這個天氣，還是不要亂動比較好。」畢竟現在這種暴風雨天氣，誰知道會發生些什麼事呢。小智則回應道：「你們還是在這裡等我們吧。」說完，馬上就拉著小霞的手跑去。
到神廟的路上還是安全的，並沒有出什麼事。小霞看到神廟裡有顆散發著紅色光芒的珠子，拿下來和小智一起看了一下，問道：「這個就是寶物？」小智回答：「應該就是這個。」小霞將珠子遞給小智，小智接過珠子就感受到了紅色珠子里有一股火焰在燃燒，溫暖的感覺在手掌心中。
小智和小霞打算離開這個地方的時候，火箭隊三人組出現了：「……（火箭隊經典登場台詞）」小智立刻問道：「火箭隊，你們又想抓皮卡丘？我今天很忙，沒時間跟你們耗！」事態緊急，已經沒有時間和火箭隊三人組玩遊戲了。
就在這時，閃電鳥出現了。隨著閃電鳥的出現，閃電到處肆虐。小霞並不認識閃電鳥，開口問道：「那只是……」小智只好解釋道：「閃電鳥，關都地區的三聖鳥之一，電系加飛行系的傳說寶可夢，」
與此同時，閃電鳥停在神廟上，身體向四周發出電流，把原本的火山口改變了形狀。小霞突然感覺自己輕飄飄的，有種要浮起來的感覺，問道：「怎麼回事？」小智讓小霞放心，對她說道：「放心，是電流的作用，電可以產生磁，這四周都被磁化了。地磁也因此受到影響，不用擔心。」
這時，皮卡丘突然向閃電鳥發動攻擊。武藏看到這種情況后，不解地問道：「幹什麼呢？這種程度的電擊完全沒有任何用處吧？」火箭隊的喵喵翻譯道：「不是在攻擊，是嘗試交流啊喵，皮卡丘說這是火焰鳥的島，閃電鳥為什麼會在這裡啊？」而閃電鳥也隨後給出了回應，喵喵繼續翻譯著：「閃電鳥說這座島的主人已經不見了，既然這樣，就由我來支配這座島。」
就在這時，大家的眼前出現了一個龐大的飛行物。小次郎吃驚地喊道：「那個是什麼東西？」小霞也開始擔憂起來，因為她不知道接下來會發生什麼事情。小智緊握住小霞的手，給予支持：「沒事，有我在呢！」
突然從遠處的空中飛來一個龐大的飛行物，並且發射出四個方形金屬。小智見那四個方形金屬向這邊飛來，迅速說道：「皮卡丘，波克基古，趕快過來！」皮卡丘和波克基古立刻跑到小智和小霞的身邊。就在這時，兩個方形金屬物突然把小智和小霞還有火箭隊三人組圈了起來，而後另外兩個金屬物也將閃電鳥關起來了。
隨後，金屬物帶著大家向飛行物而去。進了飛行物后，就看到了被關在旁邊的火焰鳥，小智開口介紹：「火焰鳥！」小霞聽了小智的話后。有些驚訝地開口道：「原來火焰鳥是被抓到這裡來了啊！」
這時，一個大叔從上方傳送下來，對小智和小霞還有火箭隊三人組說道：「你們幾個是第一批沒有收到邀請函就來到這裡的人。覺得怎樣？雷之神——閃電鳥，火之神——火焰鳥，我的新收藏品。」
小霞聽了那個人的話，非常生氣地質問道：「等下，大叔，收服寶可夢為什麼不用精靈球？這不是對寶可夢們的侮辱嗎？」
聽了小霞的話，大叔好像聽到了什麼笑話，哈哈大笑著：「哈哈！小丫頭片子，我為什麼要收服它們？我可不是寶可夢訓練家，我是收藏家吉爾露太！於我而言，能眼睛看到的東西才是收藏品！你們都可以看吧，我的收藏品！不過，不要亂動，這樣才是禮貌。」吉爾露太說完，就將小智他們從關著的地方放了出來。這時，吉爾露太的身前出現了一段影像，是急凍鳥！然後吉爾露太又傳送上去，完全沒有管小智他們，看來是認為小智他們翻不起什麼浪花來。
此時此刻，全世界的寶可夢們都開始向亞細亞島前進。
小霞看著被關的火焰鳥跟閃電鳥，覺得應該做點什麼，卻不知道該怎麼辦，於是就問小智：「現在我們怎麼辦？」
小智也知道事態緊急，但還是看著一旁的石碑解釋道：「我們得趕緊將火焰鳥跟閃電鳥救出來，不然世界就會發生大災難。你們看這塊石碑上寫的：火之神，雷之神，冰之神不可擅自觸及，否則，天地的憤怒將會使世界走向滅亡！」
火箭隊三人組明顯不相信，問道：「怎麼會這麼嚴重啊？」
小智為火箭隊三人組和小霞解釋道：「不要不相信，閃電鳥的電流可以產生蛋白質等生命所需的有機物，而火焰鳥和急凍鳥則會使海底產生暖流和寒流，暖流和寒流相互混合，就會加速生物的生長，從而帶出更多的養料，有利於生命的大量繁殖，這也產生了一種平衡。如今，火焰鳥和閃電鳥被抓住了，平衡已經打破，世界會逐漸走向毀滅。」這些都是小智童年時在大木研究所中學到的。
這時，火箭隊三人組也擔憂起來：「如果世界滅亡了，就再也沒有寶可夢了，我們會失業的！」小智和小霞滿頭黑線，心說：你們的關注點可真奇怪啊！在這種世界末日來臨之時，不關心自己的性命，反而關心失業問題，不過，這也符合三人組樂天派的性格。
隨後，小智對小霞說：「小霞，派蚊香君出來幫忙。」小霞點了點頭，派出蚊香君，並且讓它聽小智的指揮：「好！蚊香君，出來吧，聽小智的命令！」
「蚊香君，水槍；皮卡丘，十萬伏特。」小智讓蚊香君和皮卡丘同時攻擊關著火焰鳥的籠子。小智立刻把小霞護在身後，然後對火箭隊三人組解釋道：「皮卡丘的電流會將蚊香君的水電解，產生氧氣和氫氣，電流會產生電火花，引燃氫氣，產生爆炸，所以大家都要小心。」火箭隊三人組這次和小智是一夥的，所以他們聽到小智的話就立刻跑開了。隨著「砰」地一聲巨響，產生了爆炸，火焰鳥成功地逃脫了。
火焰鳥逃脫后，立刻使出噴射火焰，救出了閃電鳥，然後兩隻寶可夢就開始撞擊飛行器，由於飛行器被破壞，所以失控了，開始向下墜落，看著漸漸下落的飛行器，火箭隊擔憂地喊道：「怎麼辦？要撞上了啊！」
小智派出了巨大大比鳥：「大比鳥，就決定是你了！小霞，來。」小智爬上巨大大比鳥的背，然後把小霞也拉上來，皮卡丘跳到小智的肩膀上，波克基古也飛到小霞的懷中。
小智在小霞坐穩后，看了看下方，指著一座島嶼對巨大大比鳥說道：「大比鳥，飛到前方的島嶼上。」隨後巨大大比鳥就向前方島嶼飛去。至於火箭隊三人組嘛，小智也管不了那麼多了，反正作為「真主角」他們是不可能出事的。
成功著陸后，小霞指著前方的神廟對小智說：「小智，你看。」小智看著前方的神廟和黃色寶珠，小智就知道這裡是雷之島，立馬上前將寶珠拿下來，拿了寶珠后，就立馬將其放到口袋中，拉著小霞的手跑開了。
這時，壞掉的飛行物向這邊落下來了，也帶來火箭隊三人組的聲音：「它們完全被激怒了啊！」看來，三人組已經安全地著陸了。
不過，閃電鳥和火焰鳥以及不知從何時何地出現的急凍鳥被惹怒了，開始胡亂放著技能。對於現在的處境，小霞不知所措地問道：「我們現在該怎麼辦呀？」小智拿出兩顆大師球，說道：「超夢，越夢，這次就拜託你們了，把我們送到那邊的島上。」小智知道現在不能坐大比鳥了，容易被那三隻三聖鳥攻擊。
超夢和越夢出來后，超夢看著正打得不可開交的三聖鳥，問道：「需要我和越夢一起去解決那三隻鳥嗎？」小智知道以超夢和越夢的實力單獨派其中之一都能夠將三聖鳥擊敗，不過那並不是解決事情的根本，還是以比較好的方法解決為妙，因此，小智勸阻道：「不用，它們也是無辜的，而且世界還需要它們的能力，你跟越夢一起送我們過去吧。」
小智在確定了祭台所在島嶼的位置后，就讓超夢和越夢用瞬間移動將自己跟小霞送過去。
到了島嶼上，芙蘆拉立刻就跑過來，旁邊還跟著一隻獃獃王，問道：「小智，小霞，你們沒事吧？」看來她也知道這次事件必須在這座島嶼上才能平息。小智回答道：「沒事。」
這時，芙蘆拉旁邊的獃獃王用心靈感應對小智道：「把寶珠放到對應的位置。」小智立刻向那邊跑去，把兩件寶物分別放到祭台的對應位置。
越夢這時看著向這邊一邊飛一邊放技能的三聖鳥，對小智說道：「小智，它們過來了。」就在它們到達的時候，從海洋中打出一股激流漩渦，把它們阻礙在海面，而後出現了一隻寶可夢，小智在看到后說道：「果然……海之神，不！應該叫你洋流之神：洛奇亞！」
小霞是第一次看到這隻寶可夢，問：「海之神？洋流之神？」小智對小霞和芙蘆拉以及一旁看到洛奇亞感到威脅的超夢與越夢解釋道：「嗯！洛奇亞，是超能力系和飛行系的潛水寶可夢，傳說中的寶可夢，被人們稱之為海之神……不過，我覺得更準確的稱呼應該是洋流之神，畢竟，它不是水系寶可夢，豐源地區的傳說中的水系寶可夢——蓋歐卡才是真正的海之神！」
就在這時，天空中又出現了一隻超夢。小智看到后就知道這裡沒有他們的事情了，赤虹都派超夢來插手了。於是，超夢將三聖鳥三下五除二地打倒在地。隨後，用超能力將三聖鳥和對應的寶珠拿走了。
隨後，洛奇亞也潛入水中，離開了這個地方。小智也跟小霞一起找到小建，一行人在和芙蘆拉告辭后，就乘坐拉普拉斯向著橘子聯盟的最後一家道館的所在地出發了。